معرفی DNAآپتامر کوتاه شده به عنوان پروب مولکولی جدید برای ردیابی آفلاتوکسین B1 به کمک تکنیک های شبیه سازی محاسباتی

Authors

  • مریم موسیوند گروه گیاهپزشکی. پردیس کشاورزی و منابع طبیعی-دانشگاه تهران- بخش بیوتکنولوژی میکروبی- پژوهشگاه بیوتکنولوژِی کشاورزی ایران
  • کوثر باقرزاده مرکز تحقیقات چشم. بیمارستان رسول اکرم. دانشگاه علوم پزشکی ایران. تهران. ایران
Abstract:

توالی های تک رشته DNA یا RNA که تحت عنوان آپتامر شناخته می شوند قادرند مولکول هدف را با اختصاصیتی در حد آنتی بادی های مونوکلونال ردیابی نمایند. با این وجود قرار گیری مایکوتوکسین ها در گروه مولکول های کوچک و تفاوت بالای وزن مولکولی آنها با توالی های آپتامری تبدیل به چالشی جدی در معرفی پروب های آپتامری برای آنها شده است. در بررسی حاضر با هدف دستیابی به توالی آپتامری جدید و کوتاه تر برای آفلاتوکسین B1 (AFB1)، ابتدا به کمک الگوریتم ژنتیک یک کتابخانه الیگونوکلئوتیدی اولیه(Lib1) براساس توالی آپتامری اختصاصی آفلاتوکسین B1 (bp 50 Apt1,) طراحی گردید. قدرت اتصال توالی های آپتامری کتابخانه Lib1 به مولکول AFB1 با روش داکینگ مولکولی ارزیابی و بهترین توالی آپتامری با هدف ایجاد کتابخانه جدید(Lib2) و با استراتژی کوتاه کردن تغییر داده شد. غربال مجازی توالی های آپتامری کتابخانه Lib2 از نظرقدرت اتصال به مولکول AFB1 منجر به معرفی توالی آپتامری کوتاه شده C52-T با طول bp 19 گردید. پایداری و نوع تعاملات درکمپلکس آپتامری C52-T و مولکول AFB1 با روش های شبیه سازی دینامیک مولکولی و MM-PBSA مورد بررسی قرار گرفت. نتایج حاصل از تخمین ثابت اتصال برای توالی های آپتامری C52، C52-T و Apt1 با روش رنگ سنجی مبتنی بر نانوذرات تغییر نیافته طلا در مطابقت کامل با نتایج مطالعات درون رایانه ای بود. به نظر می رسد که تکنیک های محاسباتی از پتانسیل بسیار خوبی درمعرفی پروب های مولکولی و حساس جهت طراحی آپتاسنسورهای اختصاصی مایکوتوکسین ها برخوردار باشند.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

معرفی (Asterosporium asterospermium (Coelomycetes به عنوان عضو جدید برای میکوبیوتای ایران (گزارش کوتاه علمی)

در چارچوب اجرای پروژه شناسایی فلور قارچی راشستان‌های شمال کشور نمونه هایی از سرشاخه های Fagus sylvatica، آلوده به گونه‌ای قارچ سلومیست طی سال‌های 1390-1389 از شمال کشور جمع آوری گردید. بررسی‌های آزمایشگاهی نشان داد که سرشاخه‌های آلوده توسط اندام قارچی از نوع آسروول پوشانده شده بودند. آسروول قارچ روی شاخه‌ها قطری بیش از 5/1 میلی‌متر داشت. این اندام به صورت برآمده در سطح سرشاخه‌های آلوده قرار گرف...

full text

شبیه سازی عملکرد فرآیند جداسازی در تیکنر باطله مجتمع مس سرچشمه به کمک دینامیک سیالات محاسباتی

تیکنرها از واحدهای کلیدی در فرآیندهای عملیاتی هیدرومتالوژی هستند و برای جداسازی جامد از مایع استفاده می­شوند. در این تحقیق تیکنر باطله مجتمع مس سرچشمه توسط مدل ترکیبی دینامیک سیالات محاسباتی و موزانه جمعیتی، مدل­سازی شد. از مدل دوفازی اولرین- اولرین به همراه مدل تلاطم k-ε در حالت پایدار استفاده شد. در مدل موازنه جمعیتی 15 دسته از اندازه ذرات در نظر گرفته شد. از کرل لئو برای بهم چسبیدگی/شکست ذرا...

full text

مطالعه پروب های انتقال دهنده پروتون به کمک میسل با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی

با استفاده از نرم افزار گرومکس adii را در پوشش میسلی sds برای مدت ده نانوثانیه در پنج دمای مختلف شبیه سازی کردیم.

بررسی نفوذ داروهای آسپیرین و ایبوپروفن در غشاء دولایه لیپیدی به کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی

برهمکنش دو نوع داروی ضدالتهاب غیراستروئیدی آسپرین و ایبوبروفن همراه با یک غشاء مدل دولایه لیپیدی به کمک ‌‌شبیه‌سازی دینامیک مولکولی (Molecular Dynamic Simulation) بررسی شد. به منظور مطالعه‌ی تاثیر نوع دارو، حالت باری دارو، دوز دارو و وجود پروتئین غشائی انتگرالی بر نفوذ دارو در غشاء، 11 سیستم مختلف با شرایط یکسان ‌‌شبیه‌سازی گردید. در هر سیستم 4 پارامتر نشان‌دهنده‌ی نفوذ و 9 پارامتر موثر بر نفوذ...

full text

مطالعه برهمکنش نانولوله کربنی دو‌دیواره با هورمون محرکه فولیکولی (FSH) به کمک شبیه سازی دینامیک مولکولی

برهمکنش نانوذراتی همچون نانولوله‌های کربنی با درشت‌ملکول‌های زیستی به علت کاربرد گسترده آنها در حوزه‌های مختلف از جمله شناسایی و از بین بردن سلول‌های سرطانی، مهندسی بافت، بلوری کردن پروتئین‌ها، ساخت راکتورها و همچنین حس‌گرهای زیستی اهمیت زیادی پیدا کرده است. باور بر این است که نانولوله‌های کربنی از طریق برهمکنش با پروتئین‌ها (نانوذرات-پروتئین کرونا) می‌توانند اثرات زیستی مهمی در بدن داشته باشند...

full text

بررسی رفتار شکست نانوکامپوزیت اپوکسی نانولوله کربنی دودیواره به کمک روش شبیه سازی دینامیک مولکولی

درا ین مطالعه، رفتار شکست نانوکامپوزیت های پایها پوکسی تقویت شده با نانولوله های کربنی دودیواره به روش دینام کی مولکولی بررسی شده است. برای آماده سازی مدل پلیمری، ساختار اتمی دقیق اپوکسی استفاده شده در مطالعات آزمایشگاهی و برای انجام شبیه سازی از پتانسیل های Tersoff  و Amber در توصیف رفتار نانولوله کربن و اپوکسی استفاده شد. از میان روش های موجود برای شبیه سازی فرایند ایجاد پیوند عرضی، روشی بهک ...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 56  issue 1

pages  99- 117

publication date 2020-05-21

{@ msg @}

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023